Със заповед на министър-председателя Стефан Янев за заместник-областен управител на област Стара Загора е назначен Стоян Стоянов.

В периода август 1989 г.-април 2008 г. Стоянов е работил в Министерството на отбраната, а от април 2008 г. до декември 2011 г. в ДАНС, където е заемал позиции на изпълнителско и средно управленско ниво. Притежава образователно-квалификационна степен „магистър“ по специалностите строително инженерство и по национална сигурност и отбрана.

Стоянов е участвал в мироопазваща мисия в Босна и Херцеговина през 2007 г. като част от ръководството на българския контингент.